Berdasarkan Surat Keputusan Rektor IAIN Pekalongan Nomor 98 Tahun 2022 Tentang Pembentukan Pusat Studi pada Fakultas Syariah IAIN Pekalongan, terdapat 4 (empat) Pusat Studi, antara lain:
1. Pusat Studi Ilmu Falak
2. Pusat Studi Pemerintahan Daerah dan Kebijakan Publik
3. Pusat Kajian Hukum Ekonomi Syariah (Pukahesy)
4. Pusat Studi Hukum Kelularga dan Sakinah Family Centre
Sesuai dengan Surat Keputusan Rektor IAIN Pekalongan Nomor 99 Tahun 2022 Tentang Pengangkatan Koordinator dan Sekretaris Pusat Studi pada Fakultas Syariah IAIN Pekalongan, dengan susunan:
| No | Nama Pusat Studi | Ketua | Sekretaris |
| 1 | Pusat Studi Ilmu Falak | 'Alamul Yaqin, M.H. | Muhammad Farid Azmi, M.H. |
| 2 | Pusat Studi Pemerintahan Daerah dan Kebijakan Publik | Syarifa Khasna, M.Si. | Ayon Diniyanto, M.H. |
| 3 | Pusat Kajian Hukum Ekonomi Syariah (Pukahesy) | Anindya Aryu Inayati, M.P.I. | Bunga Desyana Pratami, M.Kn. |
| 4 | Pusat Studi Hukum Kelularga dan Sakinah Family Centre | Khafidz Abadi, M.H.I | Muhammad Yusron, M.H. |
